Pierwsza żydowska organizacja bojowa powstała w Wilnie, jako reakcja na masowe mordy dokonywane przez armię niemiecką. W sytuacji, w której znaleźli się Żydzi, mieli tylko jedno wyjście. Zmuszeni byli odrzucić złudzenia i podjąć czynny opór, nawet bez nadziei na ratunek. 21 stycznia 1942 roku zawiązano Zjednoczoną Organizację Partyzancką, do której weszły organizacje syjonistyczne, budnowcy i komuniści. Kowner i jego towarzysze znaleźli schronienie w klasztorze dominikanek. Zdecydowali się jednak powrócić do getta, by otworzyć organizację bojową. Idea oporu zbrojnego w getcie warszawskim narodziła się w kręgach syjonistycznych organizacji młodzieżowych. Spośród żydowskich partii największe znaczenie w getcie miał Bund. Posiadał on trwałe związki z polskim podziemiem i ruchem socjalistycznym. Spośród partii syjonistycznych dużą rolę odgrywali Robotnicy Syjonu. 19 lipca 1942 roku Himmler nakazał zakończenie „likwidacji” ludności żydowskiej do końca grudnia 1942 roku. Rozpoczęły się przesiedlenia. Punktem zbornym był plac leżący w sąsiedztwie Dworca Gdańskiego, służący dotąd jako korytarz między gettem a stroną aryjską. Pierwszego dnia wywieziono stąd do Treblinki 6250 osób, a następnego 7300. W pierwszych dniach deportacji przywódcy w getcie mieli nadzieję, że uda im się uratować, choć część Żydów poprzez dostosowanie się do poleceń i oczekiwań okupanta. Obawiano się, że beznadziejny opór przynieść może wyłącznie pogorszenie sytuacji. Po wielkiej akcji getto zmieniło swój charakter. Pozostali w getcie Żydzi zostali przeniesieni do warsztatów. Zmniejszone getto zmieniło się w obóz pracy. Pozostało około 20 tysięcy mieszkańców, którym udało się przetrwać okres deportacji. Faktem przełomowym dla konspiracyjnego getta było nawiązanie stałego kontaktu z przedstawicielami AK. Łącznikami między stroną polską zostali Bund oraz Berman. Na komendanta ŻOB został wybrany Anielewicz, a na jego następne Cukermana. Stosunek AK do ŻOB z wielu powodów był złożony. W Żydach widziano sympatyków komunizmu, panował stereotyp o niskiej wartości Żyda jako żołnierza, a wreszcie głośno było o ich ucieczkach z armii. Zbrojny opór Żydów spowodował jednak zmianę traktowania ŻOB przez AK. „Biuletyn Informacyjny” pisał, że w najtrudniejszych chwilach wykazali się bohaterską postawą, nie stracili poczucia honoru i budzili szacunek. W tym czasie przekazano do getta 50 pistoletów z amunicją, 80 kilogramów materiału do wyrobu butelek zapalających oraz pewną ilość granatów. Ułatwiono również im zakup broni. Dalszy rozwój sytuacji stanowił jednak niewiadomą. Z jednej strony obawiano się przeniesienia zamieszek na stronę aryjską, z drugiej uważano, że przekazana Żydom broń została bezpowrotnie stracona.
Latem 1942 roku do Londynu zaczęły napływać informacje o nasilającej się ze strony Niemców eksterminacji ludności żydowskiej. Jesienią doszło do nawiązania współpracy między Żydowską Organizacja Bojową, a Komendą Główną AK. Rozpoczęły przeżuty broni, amunicji i materiałów wybuchowych na teren getta warszawskiego. Po upadku powstania w getcie warszawskim, część ocalałych bojowników wydostała się poza Warszawę, zasilając oddziały partyzanckie Gwardii Ludowej. Dokładna liczba Żydów walczących w powstaniu warszawskim nie jest znana. Na uwagę zasługuje jednak epizod z 1944 roku, kiedy to żołnierze batalionu „Zośka” odbili z rąk SS – manów około 380 więźniów warszawskiego obozu koncentracyjnego Gęsiówka. Henryk Poznański, były żołnierz ZOB i uczestnik powstania w Getcie Warszawskim wsławił się przeprowadzeniem kanałami z Starego Miasto do Śródmieścia. Tadeusza Bora – Komorowskiego i członków Sztabu Głównego AK. Poległ 17 września na Czerniakowi.
Wybuch wojny pomiędzy niedawnym sojusznikami Niemcami i Związkiem Radzieckim, doprowadził do zmiany układu sił w Europie. Na terenie ZSRR rozpoczęto formowanie oddziałów Wojska Polskiego pod dowództwem generała Władysława Andersa. W jego skład mieli wchodzić wszyscy obywatele Rzeczpospolitej, którzy w wyniku agresji sowieckiej znaleźli się na terytorium ZSRR. Dla cywilów cierpiących głód, nędzę i prześladowania wojsko było jedynym ratunkiem przed śmiercią. Wkrótce sztab polski zmuszony był do podjęcia decyzji o limitowaniu poboru w stosunku do mniejszości narodowych, ustalając poziom jej rekrutacji na 10%. W niektórych punktach oficerowie chętnie wykonywali tę decyzje. Zdając sobie sprawę z tych nastrojów generał. Anders wydał podany do publicznej wiadomości rozkaz, w którym podkreślał, że Polska jest krajem demokratycznym i tolerancyjnym, a wszelkie wystąpienia przeciwko Żydom są niedopuszczalne.
Po klęsce Francji w czerwcu 1940 roku na Wyspy Brytyjskie zdołano ewakuować zaledwie 25 tysięcy żołnierzy Polskich Sił Zbrojnych, w tym około tysiąca żydowskiego pochodzenia. Wkrótce większość z nich zasiliła szeregi I Korpusu stacjonującego w Szkocji. Z każdym miesiącem kwestia stosunków polsko-żydowskich w Wojsku polskim coraz wyraźniej przestawała być elementem wewnętrznych spraw Rzeczpospolitej i nabierała znaczenia narodowego. Brytyjska sekcja Światowego Kongresu Żydów oskarżyła publicznie polskie władze o tolerowanie antysemityzmu i finansowanie skrajnie prawicowych publikacji. Chodziło tu między innymi o pismo „Jestem Polakiem”. Mimo poszukiwań nowych rozwiązania nowych dróg rozwiązania kwestii niewłaściwego traktowania żołnierzy żydowskiego pochodzenia sprawa ta pozostała obecną w wojsku polskim do końca wojny. Armia nie była właściwie przygotowana, do ogromu pracy oświatowej. Mimo wszelkich starań sytuacja żydowskich żołnierzy nie uległa poprawie.
Zimą 1944 roku Polskimi Siłami Zbrojnymi wstrząsnęły 3 fale dezercji. W znacznym stopniu dotknęły one Pierwszą Dywizję Pancerna generała Maczka. Łącznie w ciągu 3 miesięcy odnotowano ucieczkę około 250 żydowskich żołnierzy. Według strony polskiej antysemickie zajścia były tylko pretekstem dla Żydów. W dużej mierze można to tłumaczyć coraz bardziej rozluźniającymi się więziami między Żydami, a Państwem Polskim. Wielu z nich w zagładzie straciło całą rodzinę i jednocześnie wiarę w sens powrotu do kraju. Wzrastała chęć przedostania się do Palestyny i budowy nowego własnego jutra. Początkowo w obawie o morale żołnierzy sprawy nie nagłaśniano, a dezerterów oddalono pod opiekę Brytyjczyków. Kiedy jednak Londyn zażądał ukrócenia tego procederu, musieli oni stanąć przed sądem wojskowym. Gdy informacja o tym przedostała się do prasy wokół wojska polskiego wybuchła niebywała medialna awantura. Wkrótce też sprawa nabrała charakteru politycznego.
