Latem 1942 roku do Londynu zaczęły napływać informacje o nasilającej się ze strony Niemców eksterminacji ludności żydowskiej. Jesienią doszło do nawiązania współpracy między Żydowską Organizacja Bojową, a Komendą Główną AK. Rozpoczęły przeżuty broni, amunicji i materiałów wybuchowych na teren getta warszawskiego. Po upadku powstania w getcie warszawskim, część ocalałych bojowników wydostała się poza Warszawę, zasilając oddziały partyzanckie Gwardii Ludowej. Dokładna liczba Żydów walczących w powstaniu warszawskim nie jest znana. Na uwagę zasługuje jednak epizod z 1944 roku, kiedy to żołnierze batalionu „Zośka” odbili z rąk SS – manów około 380 więźniów warszawskiego obozu koncentracyjnego Gęsiówka. Henryk Poznański, były żołnierz ZOB i uczestnik powstania w Getcie Warszawskim wsławił się przeprowadzeniem kanałami z Starego Miasto do Śródmieścia. Tadeusza Bora – Komorowskiego i członków Sztabu Głównego AK. Poległ 17 września na Czerniakowi.

Wybuch wojny pomiędzy niedawnym sojusznikami Niemcami i Związkiem Radzieckim, doprowadził do zmiany układu sił w Europie. Na terenie ZSRR rozpoczęto formowanie oddziałów Wojska Polskiego pod dowództwem generała Władysława Andersa. W jego skład mieli wchodzić wszyscy obywatele Rzeczpospolitej, którzy w wyniku agresji sowieckiej znaleźli się na terytorium ZSRR. Dla cywilów cierpiących głód, nędzę i prześladowania wojsko było jedynym ratunkiem przed śmiercią. Wkrótce sztab polski zmuszony był do podjęcia decyzji o limitowaniu poboru w stosunku do mniejszości narodowych, ustalając poziom jej rekrutacji na 10%. W niektórych punktach oficerowie chętnie wykonywali tę decyzje. Zdając sobie sprawę z tych nastrojów generał. Anders wydał podany do publicznej wiadomości rozkaz, w którym podkreślał, że Polska jest krajem demokratycznym i tolerancyjnym, a wszelkie wystąpienia przeciwko Żydom są niedopuszczalne.

Po klęsce Francji w czerwcu 1940 roku na Wyspy Brytyjskie zdołano ewakuować zaledwie 25 tysięcy żołnierzy Polskich Sił Zbrojnych, w tym około tysiąca żydowskiego pochodzenia. Wkrótce większość z nich zasiliła szeregi I Korpusu stacjonującego w Szkocji. Z każdym miesiącem kwestia stosunków polsko-żydowskich w Wojsku polskim coraz wyraźniej przestawała być elementem wewnętrznych spraw Rzeczpospolitej i nabierała znaczenia narodowego. Brytyjska sekcja Światowego Kongresu Żydów oskarżyła publicznie polskie władze o tolerowanie antysemityzmu i finansowanie skrajnie prawicowych publikacji. Chodziło tu między innymi o pismo „Jestem Polakiem”. Mimo poszukiwań nowych rozwiązania nowych dróg rozwiązania kwestii niewłaściwego traktowania żołnierzy żydowskiego pochodzenia sprawa ta pozostała obecną w wojsku polskim do końca wojny. Armia nie była właściwie przygotowana, do ogromu pracy oświatowej. Mimo wszelkich starań sytuacja żydowskich żołnierzy nie uległa poprawie.

Zimą 1944 roku Polskimi Siłami Zbrojnymi wstrząsnęły 3 fale dezercji. W znacznym stopniu dotknęły one Pierwszą Dywizję Pancerna generała Maczka. Łącznie w ciągu 3 miesięcy odnotowano ucieczkę około 250 żydowskich żołnierzy. Według strony polskiej antysemickie zajścia były tylko pretekstem dla Żydów. W dużej mierze można to tłumaczyć coraz bardziej rozluźniającymi się więziami między Żydami, a Państwem Polskim. Wielu z nich w zagładzie straciło całą rodzinę i jednocześnie wiarę w sens powrotu do kraju. Wzrastała chęć przedostania się do Palestyny i budowy nowego własnego jutra. Początkowo w obawie o morale żołnierzy sprawy nie nagłaśniano, a dezerterów oddalono pod opiekę Brytyjczyków. Kiedy jednak Londyn zażądał ukrócenia tego procederu, musieli oni stanąć przed sądem wojskowym. Gdy informacja o tym przedostała się do prasy wokół wojska polskiego wybuchła niebywała medialna awantura. Wkrótce też sprawa nabrała charakteru politycznego.