Mimo powszechnych, nieprzychylnych i często krzywdzących opinii żydowskiej żołnierze służących w polskim wojsku wzięli czynny udział w Kampanii wrześniowej, przelewając swoja krew w bitwach pod Mławą czy nad Bzurą. Nie zabrakło ich także w obronie wybrzeża czy Warszawy. Grobu tych ostatnich znajdują się na cmentarzu żydowskim w Warszawie. Według szacunków podczas kampanii wrześniowej zmobilizowano około 150 000 Żydów. Stanowili wiec 15% ogółu powołanych. Niestety na postawę Żydów polskich wiernych Rzeczpospolitej cieniem położyły się tragiczne wydarzenia na kresach wschodnich. Na mocy porozumienia Ribbentrop – Mołotow. Związek radziecki przyłączył ich do niemieckiej agresji na Polskę. Zdarzenie to wyryło się na długo w pamięci Polaków i miało ogromny wpływ na dalsze układy z Żydami. Należy jednak zaznaczyć, że nie była to postawa wszystkich Żydów i wkrótce tysiące z nich podzieliło los przesiedlanych w głąb ZSRR Polaków. Mimo to utrwali się obraz Żyda jako elementu nielojalnego wobec państwa.

Los żydowskich jeńców wojennych wpisuje się w okrutne dzieje Zagłady. Już od pierwszych dni niewoli. Niemcy starali się odseparować żołnierze żydowskiego pochodzenia od ich polskich kolegów. Najbardziej okrutny okazał się los szeregowców. Pod koniec 1940 roku kilkadziesiąt tysięcy żołnierzy zwolniono do domów, aby później jako cywilów przewieźć do gett i obozów, koncentracyjnych. Zwolniono ich do cywila by nie łamać konwencji genewskiej regulującej prawa jeńców wojennych. Żołnierze z obozu w Lublinie zdołali zachować mundury Wojska Polskiego. Wkrótce stworzyli zręby konspiracji i rozpoczęli gromadzenie broni. Udało im się stworzyć nawet grupę partyzancka, ale ostatecznie zostali otoczeni i wymordowani. Niemal wszyscy żołnierze stali się ofiarami słynnej akcji „Dożynki” mającej na celu likwidację Żydów lubelskich, przeprowadzonej w 1943 roku. Podczas przemarszu kolumny na Majdanek doszło do buntu, a niewielkiej części jeńców udało się zbiec. Sytuacja jeńców żydowskich w niewoli sowieckiej mogła wydawać się nieco lepsza, od losu tych, którzy znaleźli się w rękach niemieckich. Większość szeregowych trafiło do obozów pracy, gdzie panowały straszliwe warunki bytowe i sanitarne, istniały jednak szanse przeżycia. Większość oficerów podzieliła los polskich kolegów, padając ofiarą mordów, których świadectwa odnaleziono w Katyniu, Charkowie i Miednioje. Byli zabijani tak samo jak Polacy. Rozkaz wymordowania polskich oficerów został wydany w 1940 roku, przez Berie z polecenia Józefa Stalina. Jeńców zabijano strzałem w głowę. Wielu z nich narzucano na głowę płaszcze i wiązano z tyłu ręce. Życie straciło kilkuset oficerów pochodzenia żydowskiego. Byli oni elitą intelektualną wierną państwu polskiemu, przez co stanowili dla Sowietów element szczególnie wrogi.