Mimo powszechnych, nieprzychylnych i często krzywdzących opinii żydowskiej żołnierze służących w polskim wojsku wzięli czynny udział w Kampanii wrześniowej, przelewając swoja krew w bitwach pod Mławą czy nad Bzurą. Nie zabrakło ich także w obronie wybrzeża czy Warszawy. Grobu tych ostatnich znajdują się na cmentarzu żydowskim w Warszawie. Według szacunków podczas kampanii wrześniowej zmobilizowano około 150 000 Żydów. Stanowili wiec 15% ogółu powołanych. Niestety na postawę Żydów polskich wiernych Rzeczpospolitej cieniem położyły się tragiczne wydarzenia na kresach wschodnich. Na mocy porozumienia Ribbentrop – Mołotow. Związek radziecki przyłączył ich do niemieckiej agresji na Polskę. Zdarzenie to wyryło się na długo w pamięci Polaków i miało ogromny wpływ na dalsze układy z Żydami. Należy jednak zaznaczyć, że nie była to postawa wszystkich Żydów i wkrótce tysiące z nich podzieliło los przesiedlanych w głąb ZSRR Polaków. Mimo to utrwali się obraz Żyda jako elementu nielojalnego wobec państwa.
Los żydowskich jeńców wojennych wpisuje się w okrutne dzieje Zagłady. Już od pierwszych dni niewoli. Niemcy starali się odseparować żołnierze żydowskiego pochodzenia od ich polskich kolegów. Najbardziej okrutny okazał się los szeregowców. Pod koniec 1940 roku kilkadziesiąt tysięcy żołnierzy zwolniono do domów, aby później jako cywilów przewieźć do gett i obozów, koncentracyjnych. Zwolniono ich do cywila by nie łamać konwencji genewskiej regulującej prawa jeńców wojennych. Żołnierze z obozu w Lublinie zdołali zachować mundury Wojska Polskiego. Wkrótce stworzyli zręby konspiracji i rozpoczęli gromadzenie broni. Udało im się stworzyć nawet grupę partyzancka, ale ostatecznie zostali otoczeni i wymordowani. Niemal wszyscy żołnierze stali się ofiarami słynnej akcji „Dożynki” mającej na celu likwidację Żydów lubelskich, przeprowadzonej w 1943 roku. Podczas przemarszu kolumny na Majdanek doszło do buntu, a niewielkiej części jeńców udało się zbiec. Sytuacja jeńców żydowskich w niewoli sowieckiej mogła wydawać się nieco lepsza, od losu tych, którzy znaleźli się w rękach niemieckich. Większość szeregowych trafiło do obozów pracy, gdzie panowały straszliwe warunki bytowe i sanitarne, istniały jednak szanse przeżycia. Większość oficerów podzieliła los polskich kolegów, padając ofiarą mordów, których świadectwa odnaleziono w Katyniu, Charkowie i Miednioje. Byli zabijani tak samo jak Polacy. Rozkaz wymordowania polskich oficerów został wydany w 1940 roku, przez Berie z polecenia Józefa Stalina. Jeńców zabijano strzałem w głowę. Wielu z nich narzucano na głowę płaszcze i wiązano z tyłu ręce. Życie straciło kilkuset oficerów pochodzenia żydowskiego. Byli oni elitą intelektualną wierną państwu polskiemu, przez co stanowili dla Sowietów element szczególnie wrogi.
Latem 1942 roku do Londynu zaczęły napływać informacje o nasilającej się ze strony Niemców eksterminacji ludności żydowskiej. Jesienią doszło do nawiązania współpracy między Żydowską Organizacja Bojową, a Komendą Główną AK. Rozpoczęły przeżuty broni, amunicji i materiałów wybuchowych na teren getta warszawskiego. Po upadku powstania w getcie warszawskim, część ocalałych bojowników wydostała się poza Warszawę, zasilając oddziały partyzanckie Gwardii Ludowej. Dokładna liczba Żydów walczących w powstaniu warszawskim nie jest znana. Na uwagę zasługuje jednak epizod z 1944 roku, kiedy to żołnierze batalionu „Zośka” odbili z rąk SS – manów około 380 więźniów warszawskiego obozu koncentracyjnego Gęsiówka. Henryk Poznański, były żołnierz ZOB i uczestnik powstania w Getcie Warszawskim wsławił się przeprowadzeniem kanałami z Starego Miasto do Śródmieścia. Tadeusza Bora – Komorowskiego i członków Sztabu Głównego AK. Poległ 17 września na Czerniakowi.
Wybuch wojny pomiędzy niedawnym sojusznikami Niemcami i Związkiem Radzieckim, doprowadził do zmiany układu sił w Europie. Na terenie ZSRR rozpoczęto formowanie oddziałów Wojska Polskiego pod dowództwem generała Władysława Andersa. W jego skład mieli wchodzić wszyscy obywatele Rzeczpospolitej, którzy w wyniku agresji sowieckiej znaleźli się na terytorium ZSRR. Dla cywilów cierpiących głód, nędzę i prześladowania wojsko było jedynym ratunkiem przed śmiercią. Wkrótce sztab polski zmuszony był do podjęcia decyzji o limitowaniu poboru w stosunku do mniejszości narodowych, ustalając poziom jej rekrutacji na 10%. W niektórych punktach oficerowie chętnie wykonywali tę decyzje. Zdając sobie sprawę z tych nastrojów generał. Anders wydał podany do publicznej wiadomości rozkaz, w którym podkreślał, że Polska jest krajem demokratycznym i tolerancyjnym, a wszelkie wystąpienia przeciwko Żydom są niedopuszczalne.
Po klęsce Francji w czerwcu 1940 roku na Wyspy Brytyjskie zdołano ewakuować zaledwie 25 tysięcy żołnierzy Polskich Sił Zbrojnych, w tym około tysiąca żydowskiego pochodzenia. Wkrótce większość z nich zasiliła szeregi I Korpusu stacjonującego w Szkocji. Z każdym miesiącem kwestia stosunków polsko-żydowskich w Wojsku polskim coraz wyraźniej przestawała być elementem wewnętrznych spraw Rzeczpospolitej i nabierała znaczenia narodowego. Brytyjska sekcja Światowego Kongresu Żydów oskarżyła publicznie polskie władze o tolerowanie antysemityzmu i finansowanie skrajnie prawicowych publikacji. Chodziło tu między innymi o pismo „Jestem Polakiem”. Mimo poszukiwań nowych rozwiązania nowych dróg rozwiązania kwestii niewłaściwego traktowania żołnierzy żydowskiego pochodzenia sprawa ta pozostała obecną w wojsku polskim do końca wojny. Armia nie była właściwie przygotowana, do ogromu pracy oświatowej. Mimo wszelkich starań sytuacja żydowskich żołnierzy nie uległa poprawie.
Zimą 1944 roku Polskimi Siłami Zbrojnymi wstrząsnęły 3 fale dezercji. W znacznym stopniu dotknęły one Pierwszą Dywizję Pancerna generała Maczka. Łącznie w ciągu 3 miesięcy odnotowano ucieczkę około 250 żydowskich żołnierzy. Według strony polskiej antysemickie zajścia były tylko pretekstem dla Żydów. W dużej mierze można to tłumaczyć coraz bardziej rozluźniającymi się więziami między Żydami, a Państwem Polskim. Wielu z nich w zagładzie straciło całą rodzinę i jednocześnie wiarę w sens powrotu do kraju. Wzrastała chęć przedostania się do Palestyny i budowy nowego własnego jutra. Początkowo w obawie o morale żołnierzy sprawy nie nagłaśniano, a dezerterów oddalono pod opiekę Brytyjczyków. Kiedy jednak Londyn zażądał ukrócenia tego procederu, musieli oni stanąć przed sądem wojskowym. Gdy informacja o tym przedostała się do prasy wokół wojska polskiego wybuchła niebywała medialna awantura. Wkrótce też sprawa nabrała charakteru politycznego.
